Sau khi trải qua những sự kiện đầy bi kịch trong anime, Rintarou cảm thấy như mình đang bị hao phí bởi những lần du hành không gian thời gian, dần dần mất khỏi thế giới sống. Trái tim anh trở nên lạnh lùng, tâm trí của anh bị mù mịt bởi những hi vọng không thành, và bước chân anh sa chân khỏi hiện tại. Kurisu, người đồng hành duy nhất biết đến sự tồn tại của anh, đau lòng khi thấy Rintarou tan biến lần từ thực tại. Bây giờ, cô phải nỗ lực tìm ra cách để đưa anh trở lại, trước khi anh rơi vào vực sâu của quên lãng không thể quay lại.