Những ngày đen tối đến với thế giới Ninja khi các làng sương mù, làng đá, làng mây và làng cát đột nhiên biến mất một cách bí ẩn. Sự biến mất đồng loạt này khiến cho mối quan hệ giữa các làng trở nên căng thẳng, đe dọa đến hòa bình thế giới. Nguyên nhân của sự việc này được đặt dấu hỏi khi các quốc gia bắt đầu đổ lỗi vào làng lá - làng duy nhất không bị ảnh hưởng. Đồn đại và áp đảo, tin đồn về kế hoạch phản bội của Konoha lan truyền khắp nơi. Hội đồng lãnh đạo Hỏa Quốc không thể ngồi yên khi phải đối mặt với sự đe dọa tấn công của các quốc gia khác. Họ quyết định điều động quân đội đến biên giới, sẵn sàng đánh đổ bất kỳ ai dám phá hủy hòa bình. Nhưng không phải tất cả mọi người đều tin vào sự đồn đại và quyết định vội vã tấn công. Lãnh đạo Hỏa Quốc nhận ra rằng họ cần phải tìm ra sự thật đằng sau vụ việc, trước khi quyết định gây nên thảm họa không thể hoàn hồn. Sự tồn tại của Konoha đang đứng trên bờ vực với nguy cơ bị xóa xổ vĩnh viễn nếu họ không thể chứng minh sự trong sạch của mình và tìm ra hung thủ thực sự.